El programa de Maestría en Educación Especial fue aprobado el 23 de noviembre de 1996 mediante la Resolución Ministerial 180/96 del Ministerio de Educación Superior. Hasta la actualidad se han desarrollado 12 ediciones, las 10 primeras fueron gestionadas por el Centro de Referencia Latinoamericano para la Educación Especial (CELAEE) y una de ellas se desarrolló en el exterior. En el año 2016 el CELAEE, junto a otros centros de reconocido prestigio nacional e internacional se integran al Instituto Central de Ciencias Pedagógicas (ICCP), institución autorizada que desde ese año gestiona el programa. En el año 2018, la Maestría en Educación Especial obtuvo como resultado de la evaluación externa realizada por la Junta de Acreditación Nacional de la República de Cuba, la categoría de Programa de Excelencia.